El Santo Paso del ECCE-HOMO empieza a regir autónomamente a partir de 1850, sin embargo existe documentación desde el siglo XVII al siglo XIX redactado en un único libro de actas que se encuentra en el Archivo Diocesano de Valladolid. Desde sus orígenes la Cofradía, siempre a contado con pocos miembros en la Hermandad, sobre todo hasta el año 1980, por lo que, en algunas ocasiones había que solicitar colaboración a otras Cofradías y gente de a pié para poder procesionar. A partir de este año sufrió un cambio y empezó a recibir nuevos hermanos/as que nos lleva a contar a día de hoy con un total de 110 cofrades. El Santo Paso del ECCE HOMO procesiona el Jueves Santo en cuarto lugar, detrás del Santo Paso de Jesús Atado a la Columna y delante del Santo Paso del Nazareno de Santiago. El Paso anteriormente salía de la Iglesia de Santa Cruz por la mañana, posteriormente salió de la Iglesia de San Francisco, pasando a su salida actual de la Iglesia de Santiago de los Caballeros.

La Cofradía se organiza por una Junta Directiva nombrada por los/as propios/as hermanos/as, la cual tiene capacidad para tomar determinadas decisiones. Los hermanos/as para el buen funcionamiento de la Cofradía, participan con una cuota mensual propuesta por la Junta directiva y aprobada por los hermanos/as. Dentro de la Hermandad hay tres clases de hermanos/as:

HERMANOS/AS MENORES: Este grupo lo forman hermanos/as hasta los 18 años, los cuales pueden asistir a todos los actos sin ninguna obligación y ningún derecho, excepto los hermanos que podrían servir el Paso con el consentimiento de sus padres.

HERMANOS EN ACTIVO: Lo forman los hermanos/as de los 18 a los 65 años, en este grupo se tienen todos los derechos y obligaciones de la hermandad, excepto las hermanas que no pueden sacar ni servir el Paso.

HERMANOS/AS EN RESERVA: Este grupo lo forman hermanos/as a partir de los 65 años, los cuales tienen voz pero no voto.

HERMANOS/AS DE HONOR: La Hermandad cuenta con dos hermanos de honor, correspondiente a D. BLAS PÉREZ GONZÁLEZ, Ministro de la Gobernación en el año 1954, se le concede este honor por los méritos contraídos con la ciudad puesto que impulsó la reconstrucción de la Iglesia de Santa Cruz, sede original del Santo Cristo del ECCE HOMO. El otro hermano es D. JESÚS GALINDO GONZÁLEZ, nombrado en el año 2001 por su trabajo y disposición a la hermandad.

HERMANOS HOMENAJEADOS: Son dos los que tienen este privilegio: D. JESÚS GALINDO GONZÁLEZ, concediéndole en el año 1999 la insignia de oro de la hermandad y un diploma, y el Presidente de la Cofradía D. Julián Sánchez Muñoz, concediéndole en el año 2005 una placa por sus 25 años en el cargo.